استخرهای سرپوشیده مانند هر فضای بسته‌ای، به سیستم تهویه هوا نیاز دارند تا هم رطوبت را کنترل کرده و هم هوای تازه تأمین شود. در واقع، دو هدف اصلی استفاده از سیستم تهویه استخر شامل: کاهش رطوبت محیط و فراهم‌سازی هوای تازه برای افراد حاضر است.
رطوبت در فضای استخرهای سرپوشیده باید بین 50 تا 60 درصد نگه داشته شود. افزایش بیش از این حد، موجب رشد باکتری، قارچ، بوی ناخوشایند، و حتی آسیب به تجهیزات استخری می‌شود. برای کاهش رطوبت می‌توان از دو روش اصلی بهره برد: یکی استفاده از مواد جاذب رطوبت مانند سیلیکات‌ها و دیگری بهره‌گیری از کویل‌های سرمایشی در دستگاه‌های رطوبت‌گیر.
دما نیز عامل مهمی است. محدوده دمایی استاندارد برای استخرهای سرپوشیده بین 27 تا 30 درجه سلسیوس است که با توجه به نوع کاربری استخر (ورزشی، درمانی یا تفریحی) ممکن است تغییر کند. برای گرمایش محیط، معمولاً از سیستم‌های گرمایش تابشی یا گرمایش از کف استفاده می‌شود که روش تابشی رایج‌تر است.
همچنین استفاده از روکش استخر به عنوان یکی از کمتر شناخته شده ترین تجهیزات استخر باعث کاهش قابل‌توجه در نرخ تبخیر سطحی آب می‌شود. سرعت حرکت هوا در سطح آب باید بین 79 تا 100 فوت در دقیقه باشد تا از تعرق بیش‌ازحد جلوگیری شود.
برای تهویه مؤثر، مقدار بخار آب تولید شده در اثر تبخیر باید محاسبه و سپس مقدار هوای مورد نیاز برای خروج آن تعیین شود. فن‌های آکسیال و سیستم‌های اگزاست، هوای مرطوب را خارج و هوای خشک را وارد می‌کنند.
در تابستان، نرخ تعویض هوا باید کمتر از 4 بار در ساعت باشد و در زمستان این عدد به حدود 3 بار کاهش یابد. اگر این مقادیر بیشتر از استاندارد باشد، استفاده از رطوبت‌گیر و سیستم پیش‌گرمایش توصیه می‌شود.
در کنار استخر، فضاهای جانبی مانند سونا، جکوزی، رختکن و رستوران نیز باید تحت پوشش سیستم تهویه قرار گیرند. در نهایت، بهره‌گیری از سیستم‌های هوشمند تهویه با قابلیت بازیابی انرژی و رطوبت‌زدایی قوی، نقش مهمی در کاهش هزینه‌ها و حفظ آسایش محیط دارد.